La última ópera de Mozart escenificada en vida del compositor fue estrenada en el Theater an der Wien de Viena, el 30 de septiembre de 1791 bajo la dirección del propio Mozart, apenas dos meses antes de su muerte. El singspiel es un tipo de ópera popular cantada en alemán, donde se intercalan partes habladas.

Se cree que Schikaneder pudo ser hermano de logia de Mozart. Fue el primero que interpretó a Papageno, mientras que el papel de la Reina de la Noche era interpretado por Josepha Hofer, cuñada de Mozart. Según muchos historiadores y críticos, podría haber influencias masónicas en la ópera, ya que se cree que Mozart perteneció a la masonería y en los momentos políticos que se vivían para el momento de su estreno, esta organización era considerada como peligrosa. Muchas de las ideas y motivos de la ópera recuerdan los de la filosofía de la Iluminación.

Actualmente La flauta mágica está presente de manera habitual en los repertorios de los teatros de ópera a nivel internacional. Su estatus como obra maestra de la ópera es incuestionable y ciertamente único dentro del más reducido ámbito del singspiel, donde no tiene comparación posible.

Algunas de sus melodías son muy familiares, como el dúo de Papageno y Papagena, o el aria de coloratura de la Reina de la Noche titulada Der Hölle Rache kocht in meinem Herzen.